Kjerteløyentrøst er en lav, halvparasittisk ettårig plante. Stengelen kan bli opptil 20 cm høy, er opprett og grenete. Bladene er blanke, smalt ovale til lansettformede, skarptannete og har korte kjertelhår.

Kjerteløyentrøst blomstrer fra juni til september med hvite eller lilla blomster med mørkeblå årer og gult svelg. Blomstene er 7,5-10 mm lange. Begeret er rør- til klikkeformet med 4 fliker. Kronen er 2-fliket, mens underleppen er flat med 3 fliker. Blomstene sitter samlet i et nokså tett aks.

Planten vokser på enger, beiter, tørre gressbakker og i veikanter. Kjerteløyentrøst er vanlig nord til de sørlige delene av Nordland, for så å bli sjeldnere nordover mot Troms.