Svarttopp er en ganske lav, kjertelhåret, flerårig plante med opprette og ugrenete stengler. Bladene er motsatte, tannete og ofte purpurfargete.


Planten blomstrer fra juni-august med matte, mørkt purpurfargete til svartlilla blomster (15-20 mm lange). Blomstene sitter samlet i lange, tette aks i toppen av stenglene. Blomstenes overleppe er noe lengre enn underleppen. Med sin mørke blad- og blomsterfarge, kan svarttopp neppe forveksles med andre planter i vår skandinaviske flora.

Planten vokser på fuktige steder i fjellet, som regel på basisk jord. Svarttopp er en vanlig fjellplante i hele landet.